Общество Объединение HIV.LVLatvija +371 26062077 (ежедневно 9 - 21)
apvieniba@apvienibahiv.lv

 
   
35810

Исследован капсид ВИЧ
увидеть комментарии (0)


05.06.2013



Для того, чтобы воспроизвести структуру протеиновой оболочки ВИЧ (называемую капсидом), ученые произвели детализированную симуляцию 100 наносекунд молекулярного движения 4 миллионов атомов, которые образуют 1300 идентичных белков, составляющих капсид ВИЧ.
Симуляция молекулярного движения заключается в применении законов движения к отдельным атомам. Исследователь моделирует действие сил притяжения и отталкивания между частицами, благодаря которым возникает их сложное движение. «Вычислительная мощность, использованная для проведения моделирования, стала рекордной за всю историю научных экспериментов — учитывалось взаимодействие 64 миллионов атомов», — сообщил Клаус Шультен, профессор физики университета Иллинойса.
Произвести столь сложную симуляцию исследователям помог открытый программный пакет для моделирования молекулярной динамики, носящий название NAMD (Not just Another Molecular Dynamics program). NAMD является собственной разработкой лаборатории теоретической и компьютерной биофизики университета штата Иллинойс.
Уже было известно, что атомы белков, составляющих капсид ВИЧ, объединяются в пента- и гексагональные цепочки, таким образом, придавая протеиновой оболочке форму, схожую с поверхностью футбольного мяча. В результате симуляции с помощью NAMD, ученые выяснили, что таких цепочек 228, из которых 216 имеют гексагональную форму, а 12 — пентагональную.
Открытие имеет важность для медицины и фармацевтики, так как основной функцией белковой оболочки является защита вируса при его движении между клетками. Как только вирус отказывается внутри клетки, белковая оболочка раскрывается, тем самым запуская разрушительный механизм ВИЧ.
Для других вирусов уже создаются лекарственные препараты, препятствующие раскрытию оболочки в клетке или наоборот, преждевременно раскрывающие ее вне клетки, что приводит к повреждению генетического материала вируса. Знание структуры оболочки позволит создать подобные препараты и для борьбы с ВИЧ.
Читайте больше (статьи отличаются по содержанию):
Биофизики смоделировали молекулярную структуру ВИЧ
http://news.eizvestia.com/zdorove/full/biofiziki-smodelirovali-molekulyarnuyu-strukturu-vich
С помощью суперкомпьютера «взломана» структура капсида ВИЧ http://portaltele.com.ua/news/technology/19668----lr---.html
Белковая оболочка ВИЧ расшифрована суперкомпьютером Blue Waters http://pk.kiev.ua/world-news/751-belkovaya-obolochka-vich-rasshifrovana-superkompyuterom-blue-waters.html




 
      назад

atstāj tukšu: atstāj tukšu:
имя:




введите предохранительный код:

Visual CAPTCHA